محاسبه عدم قطعيت در آزمون‌هاي ميكروبيولوژي با در نظر گرفتن نرمال نبودن توزيع نتايج ارائه شده است.

 این روش‌ها راه‌هایی برای پیاده‌سازی خط‌مشی‌های انجمن اعتباربخشی آزمایشگاه‌های امریکا ‏A2LA‏ جهت برآورد عدم‌قطعیت اندازه‌گیری برای آزمون شمارش تعداد کلنی‎ها را نشان می‌دهد.

این روش ها عبارتند از:

روش 1‏‎:‎ تجدیدپذیری تکرارها برای نمونه

روش 2: تخمین عدم‌قطعیت به روش ریکاوری

برای هر مقدار کمی باید عدم قطعیت را در نتیجه نهایی استفاده و گزارش کرد.
در هر اندازه گیری باید مقدار شک و تردید اندازه گیری مشخص باشد و منابع مختلف عدم قطعیت که می تواند در شرایط مختلف در آزمایشگاه میکروب شناسی ایجاد شود و نمونه های تست را تحت تاثیر قرار دهد مشخص شوند.
در شمارش کلنی هم مانند سایر آنالیت های کمی باید مقدار تردید در شمارش مشخص و گزارش شود که این مقدار شک و تردید در نتیجه گزارش شده همان عدم قطعیت است.
در میکروب شناسی هم با استفاده از مدل بالا به پائین معمولا این عدم قطعیت محاسبه و به همراه نتایج گزارش می شوند.
در این ارزیابی نمونه های کنترل در روز های مختلف مورد ارزیابی قرار می گیرند و با استفاده از روش های مختلف  (Duplicate و Recovery)  مقدار عدم قطعیت محاسبه می شود و سپس در شمارش کلنی ها این مقدار در نتیجه گزارش ذکر می شود که این شمارش کلنی با چه دقت و تردیدی بدست آمده است
منابع مختلف عدم قطعیت می تواند اختلاف بین کاربر ها ، اختلاف بین لوازم و وسایل ( مانند محیط کشت ، لوپ و … ) و شرایط محیطی ایجاد شود.